污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細(xì)無力，擴展緩慢。栽培季節(jié)安排不當(dāng)一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達(dá)到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當(dāng)年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚，造成環(huán)境污染。

第3個是六芝和靈芝之間的聯(lián)系，在中國古代“靈芝”一詞有很多含義，而《神農(nóng)本草經(jīng)》中的六芝只是根據(jù)藥性進(jìn)行系統(tǒng)的分類。人們將靈芝當(dāng)作祥瑞，大概認(rèn)為它有“靈”，主要是由藥性和豐富的象征意象共同決定。一些專家學(xué)者將六芝與靈芝進(jìn)行對比分析得出結(jié)論：六芝從根本上說，它的組成只是由赤芝和紫芝?！渡褶r(nóng)本草經(jīng)》中記載的黃芝、白芝、青芝、黑芝四芝，在其他古代藥物著作中，對它們的記載很少，對它們的記載，第1個是《本草綱目》，書中是這樣描述的：黑芝又非常撤且多黃白，稀有黑青者；第2個是《瑞應(yīng)圖》，書中是這樣描述的：芝草常以六月生，春青、夏紫、秋白、冬黑。根據(jù)現(xiàn)代的藥物研究者研究和查找相關(guān)藥物著作得出：赤芝在成長階段，初的菌蓋是白色或者是黃白色，紫芝的菌蓋顏色比較深，接近于黑色。古代醫(yī)學(xué)著作中所記載的黃芝、白芝、青芝、黑芝四芝也可能指的就是赤芝及紫芝。一些藥物學(xué)家認(rèn)為，靈芝的主要特征是菌蓋的外形像人的腎臟，半圓形或者類似于圓形，表面顏色呈褐黃色或紅梅色，有很好的光澤性，還具有菌柄。菌肉的上半部分的顏色較淺，下半部分較深，與許多醫(yī)學(xué)著作所記載赤芝很相似，因此赤芝這一類靈芝可以作為靈芝的代表的說法是很有權(quán)威性的，推測古代醫(yī)學(xué)著作中的靈芝就是赤芝。