前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要為水分、通氣、溫度光照三要素的調節(jié)，要保持適宜的溫度、濕度、光照和控制通風量，溫度要保持在22—26T，空氣相對濕度要保持在85%—90%，初期以保溫為主，白天拉開一層遮陽網，接受光照，避免日光直射，增加土壤溫度，中午氣溫過高時，應開窗通風，噴水降溫。在漢中約15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）氣溫上升，溫差較大，白天注意降溫，控制溫度在22—28空氣相對濕度要保持在90%—95%;晚間應放下薄膜減少溫差。光照采用雙層遮陽網控制，制造出閃爍型林下散射光。此階段，菌原基生長較快，每2—3d要進行通風換氣，靈芝對二氧化碳非常敏感，否則，會造成靈芝菌柄長、不開傘或畸形。在此期間要定苗修頭，原基生長20d后海袋選留1株強勢菌株，并對其上生長點進行修頭，即修成馬蹄形，利于商品外形一致，提高靈芝菌蓋的商品率，一般次修完后10d，應再進行一次留株修頭。