段木基質(zhì)變質(zhì)主要是裝袋時(shí)氣溫較高，裝袋后放置時(shí)間過長(zhǎng)，沒有及時(shí)滅菌；料袋滅菌時(shí)升溫時(shí)間過長(zhǎng)；段木基質(zhì)水份含量過大，均可造成段木基質(zhì)變性發(fā)酸等。塑料袋質(zhì)量差塑料袋太薄（0.035mm以下），質(zhì)量差,段木塊毛刺多，裝袋、接種及運(yùn)輸過程中未輕拿輕放或機(jī)械破損，致使菌袋出現(xiàn)孔，造成污染。 罩膜初鼓起時(shí)，未放冷氣；袋破或底層袋泡水或扎口太松造成水袋；常壓滅菌保持時(shí)間不夠、溫度不夠或中間加水降至100弋以下時(shí)間太長(zhǎng)；罩膜漏氣，溫度達(dá)不到要求值。接種時(shí)料溫太高接種時(shí)料袋溫度太高，超過菌種所能承受的溫度范圍，造成菌種被燙傷或燙死后不萌發(fā)并感染雜菌。培菌環(huán)境不良主要是培養(yǎng)室內(nèi)濕度過大，通風(fēng)不良，環(huán)境不潔，甚至有鼠害。個(gè)別芝農(nóng)在培養(yǎng)室內(nèi)灑水并使地面上存有積水，空氣相對(duì)濕度超過70％，利于雜菌滋生。

后期管理控制溫度在22—28 空氣相對(duì)濕度在90%—95%，每天澆水一次，做到濕而不見水，忌長(zhǎng)時(shí)期積水，同時(shí)做好通風(fēng)管理，靈芝原基生長(zhǎng)迅速，日生長(zhǎng)速度可達(dá)0.5-1cm，邊緣向外擴(kuò)展，形成菌蓋，菌蓋邊緣乳白色，菌蓋一圈圈向外擴(kuò)散生長(zhǎng)。采收經(jīng)過20d左右，靈芝菌蓋邊緣乳白色-乳黃色圈消失，菌蓋開始革質(zhì)化，呈棕色，表明菌蓋已停止生長(zhǎng)，但還可進(jìn)行加厚生長(zhǎng)。菌蓋下面子實(shí)層內(nèi)彈射出棕紅色擔(dān)孢子時(shí)，表明子實(shí)體已成熟，即可采收。采收時(shí)用鋒利的小刀或果技剪在菌柄0.5-1cm處割取。采收后的子實(shí)體應(yīng)及時(shí)曬干或烘干，然后裝袋入庫(kù)儲(chǔ)藏。

選用優(yōu)良品種，對(duì)退化品種進(jìn)行提純復(fù)壯選用抗病性強(qiáng)、生活力強(qiáng)、高純度的菌種進(jìn)行接種。經(jīng)多年試驗(yàn)示范，以采收子實(shí)體為主的菌株“日本赤靈芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黃山8號(hào)”兩個(gè)優(yōu)良菌株較適宜我省氣候特點(diǎn)及段木熟料靈芝栽培模式，由于栽培多年，該兩個(gè)品種有退化趨勢(shì)，需進(jìn)行提純復(fù)壯。科學(xué)安排栽培季節(jié)根據(jù)中原地區(qū)氣候特點(diǎn)，短段木靈芝菌棒制作期選在11月上旬至翌年2月上旬為宜，在此時(shí)段內(nèi)，為讓菌絲有足夠的發(fā)菌時(shí)間，宜利用當(dāng)?shù)貧夂蛸Y源，提早制作菌棒。選擇環(huán)境良好的芝地選擇芝場(chǎng)時(shí)，要求前茬沒栽培過食用菌，同一塊芝地上下茬隔2年以上，不同年份的2塊芝地之間相距100m以上。環(huán)境質(zhì)量符合NY5010-2002標(biāo)準(zhǔn)。采取措施防止基質(zhì)變質(zhì)適宜菌絲生長(zhǎng)的段木塊含水量是33%~48%，若原木砍伐時(shí)間較長(zhǎng)，可于截段前或截段后浸水5~24h或加大填充用木屑的含水量。裝袋后要盡快碼袋滅菌，冬季裝袋后到滅菌開始的時(shí)間間隔也不宜超過2d。注意一次性滅菌數(shù)量不宜太多（10000袋以內(nèi)為宜），以免造成滅菌不徹底、基質(zhì)變質(zhì)，延長(zhǎng)滅菌、接種時(shí)間，增加菌袋感染率。