前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要為水分、通氣、溫度光照三要素的調(diào)節(jié)，要保持適宜的溫度、濕度、光照和控制通風(fēng)量，溫度要保持在22—26T，空氣相對濕度要保持在85%—90%，初期以保溫為主，白天拉開一層遮陽網(wǎng)，接受光照，避免日光直射，增加土壤溫度，中午氣溫過高時，應(yīng)開窗通風(fēng)，噴水降溫。在漢中約15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）氣溫上升，溫差較大，白天注意降溫，控制溫度在22—28空氣相對濕度要保持在90%—95%;晚間應(yīng)放下薄膜減少溫差。光照采用雙層遮陽網(wǎng)控制，制造出閃爍型林下散射光。此階段，菌原基生長較快，每2—3d要進行通風(fēng)換氣，靈芝對二氧化碳非常敏感，否則，會造成靈芝菌柄長、不開傘或畸形。在此期間要定苗修頭，原基生長20d后海袋選留1株強勢菌株，并對其上生長點進行修頭，即修成馬蹄形，利于商品外形一致，提高靈芝菌蓋的商品率，一般次修完后10d，應(yīng)再進行一次留株修頭。

污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細無力，擴展緩慢。栽培季節(jié)安排不當(dāng)一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當(dāng)年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚，造成環(huán)境污染。