后期管理控制溫度在22—28 空氣相對(duì)濕度在90%—95%，每天澆水一次，做到濕而不見水，忌長(zhǎng)時(shí)期積水，同時(shí)做好通風(fēng)管理，靈芝原基生長(zhǎng)迅速，日生長(zhǎng)速度可達(dá)0.5-1cm，邊緣向外擴(kuò)展，形成菌蓋，菌蓋邊緣乳白色，菌蓋一圈圈向外擴(kuò)散生長(zhǎng)。采收經(jīng)過20d左右，靈芝菌蓋邊緣乳白色-乳黃色圈消失，菌蓋開始革質(zhì)化，呈棕色，表明菌蓋已停止生長(zhǎng)，但還可進(jìn)行加厚生長(zhǎng)。菌蓋下面子實(shí)層內(nèi)彈射出棕紅色擔(dān)孢子時(shí)，表明子實(shí)體已成熟，即可采收。采收時(shí)用鋒利的小刀或果技剪在菌柄0.5-1cm處割取。采收后的子實(shí)體應(yīng)及時(shí)曬干或烘干，然后裝袋入庫(kù)儲(chǔ)藏。

污染原因芝棒污染的根本原因是競(jìng)爭(zhēng)性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個(gè)方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個(gè)表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長(zhǎng)，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時(shí)間長(zhǎng)；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細(xì)無力，擴(kuò)展緩慢。栽培季節(jié)安排不當(dāng)一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達(dá)到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動(dòng)受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機(jī)感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場(chǎng)環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當(dāng)年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場(chǎng)旁邊晾曬，沒有及時(shí)清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚(yáng)，造成環(huán)境污染。