污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細(xì)無力，擴(kuò)展緩慢。栽培季節(jié)安排不當(dāng)一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達(dá)到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機(jī)感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當(dāng)年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚，造成環(huán)境污染。

第1個是從《神農(nóng)本草經(jīng)》考證。《神農(nóng)本草經(jīng)》是中國現(xiàn)存部完整的藥物學(xué)著作，它集合了很多醫(yī)學(xué)著作，創(chuàng)作于公元前，總結(jié)了漢代以前的所有的藥物學(xué)知識。第2個是《神農(nóng)本草經(jīng)》中將靈芝分為上、中、下三種，《神農(nóng)本草經(jīng)》中記載的上品靈芝多達(dá)120種，長時間服用能夠使身體輕盈，血氣充足，進(jìn)而達(dá)到，而中品也有120種，能夠治療疾病，補(bǔ)氣養(yǎng)血。下品有125種，能夠去除寒氣，疏絡(luò)筋脈，可以作為輔藥?？傆嬘涊d的靈芝有365種。其中上品的靈芝中有不少學(xué)名：赤芝、黑芝、青芝、白芝、黃芝、紫芝?！渡褶r(nóng)本草經(jīng)》中還對上述的6種靈芝進(jìn)行了詳細(xì)描述。與當(dāng)代的各類醫(yī)學(xué)著作進(jìn)行比較，我們可以清楚地發(fā)現(xiàn)，《神農(nóng)本草經(jīng)》對靈芝的藥物性質(zhì)、主要治療的疾病的描述，相差不大。這與魏朝和晉朝之后的醫(yī)藥專家以嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膽B(tài)度看待被神化的芝草有關(guān)。其中這6種靈芝的藥效在現(xiàn)代醫(yī)學(xué)驗證下也已經(jīng)得到了很明確的驗證。因此，所載六芝的藥效被古今藥物學(xué)家不斷地驗證，《神農(nóng)本草經(jīng)》中的六芝與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)中的靈芝很相近。