前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要為水分、通氣、溫度光照三要素的調節(jié)，要保持適宜的溫度、濕度、光照和控制通風量，溫度要保持在22—26T，空氣相對濕度要保持在85%—90%，初期以保溫為主，白天拉開一層遮陽網(wǎng)，接受光照，避免日光直射，增加土壤溫度，中午氣溫過高時，應開窗通風，噴水降溫。在漢中約15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）氣溫上升，溫差較大，白天注意降溫，控制溫度在22—28空氣相對濕度要保持在90%—95%;晚間應放下薄膜減少溫差。光照采用雙層遮陽網(wǎng)控制，制造出閃爍型林下散射光。此階段，菌原基生長較快，每2—3d要進行通風換氣，靈芝對二氧化碳非常敏感，否則，會造成靈芝菌柄長、不開傘或畸形。在此期間要定苗修頭，原基生長20d后海袋選留1株強勢菌株，并對其上生長點進行修頭，即修成馬蹄形，利于商品外形一致，提高靈芝菌蓋的商品率，一般次修完后10d，應再進行一次留株修頭。

入土排場管理場地選擇背風、水源好、日照短的場所，搭好遮陰棚，高度要求2米以上，陰度要求五分陰五分陽，四周開排水溝，中間開廂，廂寬2.5米，長不限，廂與廂之間留30厘米人行道，把移到芝場已長好的筒料外袋撕掉，并排緊靠人行道兩旁，然后用地膜覆蓋防雨，在地膜上撒上細土，以不見地膜為宜，4~5天后扒開細土，撕開地膜，觀察菌絲已恢復，并且相互連接時，即可把地膜全部取走，蓋上細土，土高出筒料2厘米，上面撒上樹枝、樹葉等，此后經常噴水保濕，當氣溫升至18~24°C時會大量現(xiàn)蕾，此時可根據(jù)需要，摘除太密的菌蕾，以防靈芝開傘時形成連體芝。如需要制作特大靈芝，可加厚覆土，在需要長芝的地方讓菌筒小面積裸露，用草木灰水噴灑這個部位，進行定點刺激、定點出菇，如在這個部分出現(xiàn)多個芝柄，即可以除小留大，選無蟲害的一個芝柄。制作一個特大靈芝需要做好預算：“長腳紫芝07-6”每百公斤柴種一年可產五年，年可產1公斤干品，第二年可產2公斤干品，第三年可產1.5公斤干品，第四年可產1公斤干品，第五年可產0.5公斤干品。如果想入土當年制作一個5公斤重的靈芝，則一定要放足500公斤菌材。如果想制作更大的靈芝，那么就要考慮配方上的生物素的加足量。靈芝是，所以整個制作過程中不能用多菌靈、敵敵畏等含硫物質。如果靈芝出現(xiàn)害蟲，可用紫外線燈于夜間滅殺，每晚滅殺4個小時即可，每50平方米放上一支紫外線燈。如菌體上已經出現(xiàn)害蟲，那就只能用手工捉殺，或摘除出售。