污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細無力，擴展緩慢。栽培季節(jié)安排不當一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚，造成環(huán)境污染。

段木基質(zhì)變質(zhì)主要是裝袋時氣溫較高，裝袋后放置時間過長，沒有及時滅菌；料袋滅菌時升溫時間過長；段木基質(zhì)水份含量過大，均可造成段木基質(zhì)變性發(fā)酸等。塑料袋質(zhì)量差塑料袋太薄（0.035mm以下），質(zhì)量差,段木塊毛刺多，裝袋、接種及運輸過程中未輕拿輕放或機械破損，致使菌袋出現(xiàn)孔，造成污染。 罩膜初鼓起時，未放冷氣；袋破或底層袋泡水或扎口太松造成水袋；常壓滅菌保持時間不夠、溫度不夠或中間加水降至100弋以下時間太長；罩膜漏氣，溫度達不到要求值。接種時料溫太高接種時料袋溫度太高，超過菌種所能承受的溫度范圍，造成菌種被燙傷或燙死后不萌發(fā)并感染雜菌。培菌環(huán)境不良主要是培養(yǎng)室內(nèi)濕度過大，通風不良，環(huán)境不潔，甚至有鼠害。個別芝農(nóng)在培養(yǎng)室內(nèi)灑水并使地面上存有積水，空氣相對濕度超過70％，利于雜菌滋生。