段木基質(zhì)變質(zhì)主要是裝袋時(shí)氣溫較高，裝袋后放置時(shí)間過(guò)長(zhǎng)，沒(méi)有及時(shí)滅菌；料袋滅菌時(shí)升溫時(shí)間過(guò)長(zhǎng)；段木基質(zhì)水份含量過(guò)大，均可造成段木基質(zhì)變性發(fā)酸等。塑料袋質(zhì)量差塑料袋太薄（0.035mm以下），質(zhì)量差,段木塊毛刺多，裝袋、接種及運(yùn)輸過(guò)程中未輕拿輕放或機(jī)械破損，致使菌袋出現(xiàn)孔，造成污染。 罩膜初鼓起時(shí)，未放冷氣；袋破或底層袋泡水或扎口太松造成水袋；常壓滅菌保持時(shí)間不夠、溫度不夠或中間加水降至100弋以下時(shí)間太長(zhǎng)；罩膜漏氣，溫度達(dá)不到要求值。接種時(shí)料溫太高接種時(shí)料袋溫度太高，超過(guò)菌種所能承受的溫度范圍，造成菌種被燙傷或燙死后不萌發(fā)并感染雜菌。培菌環(huán)境不良主要是培養(yǎng)室內(nèi)濕度過(guò)大，通風(fēng)不良，環(huán)境不潔，甚至有鼠害。個(gè)別芝農(nóng)在培養(yǎng)室內(nèi)灑水并使地面上存有積水，空氣相對(duì)濕度超過(guò)70％，利于雜菌滋生。

污染原因芝棒污染的根本原因是競(jìng)爭(zhēng)性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來(lái)主要有以下幾個(gè)方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個(gè)表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過(guò)長(zhǎng)，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時(shí)間長(zhǎng)；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細(xì)無(wú)力，擴(kuò)展緩慢。栽培季節(jié)安排不當(dāng)一是芝棒制作及接種期安排過(guò)晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達(dá)到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動(dòng)受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機(jī)感染。二是芝棒制作及接種期安排過(guò)早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場(chǎng)環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過(guò)芝的老袋以及當(dāng)年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場(chǎng)旁邊晾曬，沒(méi)有及時(shí)清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚(yáng)，造成環(huán)境污染。