前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要為水分、通氣、溫度光照三要素的調(diào)節(jié)，要保持適宜的溫度、濕度、光照和控制通風(fēng)量，溫度要保持在22—26T，空氣相對濕度要保持在85%—90%，初期以保溫為主，白天拉開一層遮陽網(wǎng)，接受光照，避免日光直射，增加土壤溫度，中午氣溫過高時(shí)，應(yīng)開窗通風(fēng)，噴水降溫。在漢中約15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）氣溫上升，溫差較大，白天注意降溫，控制溫度在22—28空氣相對濕度要保持在90%—95%;晚間應(yīng)放下薄膜減少溫差。光照采用雙層遮陽網(wǎng)控制，制造出閃爍型林下散射光。此階段，菌原基生長較快，每2—3d要進(jìn)行通風(fēng)換氣，靈芝對二氧化碳非常敏感，否則，會(huì)造成靈芝菌柄長、不開傘或畸形。在此期間要定苗修頭，原基生長20d后海袋選留1株強(qiáng)勢菌株，并對其上生長點(diǎn)進(jìn)行修頭，即修成馬蹄形，利于商品外形一致，提高靈芝菌蓋的商品率，一般次修完后10d，應(yīng)再進(jìn)行一次留株修頭。

入土排場管理場地選擇背風(fēng)、水源好、日照短的場所，搭好遮陰棚，高度要求2米以上，陰度要求五分陰五分陽，四周開排水溝，中間開廂，廂寬2.5米，長不限，廂與廂之間留30厘米人行道，把移到芝場已長好的筒料外袋撕掉，并排緊靠人行道兩旁，然后用地膜覆蓋防雨，在地膜上撒上細(xì)土，以不見地膜為宜，4~5天后扒開細(xì)土，撕開地膜，觀察菌絲已恢復(fù)，并且相互連接時(shí)，即可把地膜全部取走，蓋上細(xì)土，土高出筒料2厘米，上面撒上樹枝、樹葉等，此后經(jīng)常噴水保濕，當(dāng)氣溫升至18~24°C時(shí)會(huì)大量現(xiàn)蕾，此時(shí)可根據(jù)需要，摘除太密的菌蕾，以防靈芝開傘時(shí)形成連體芝。如需要制作特大靈芝，可加厚覆土，在需要長芝的地方讓菌筒小面積裸露，用草木灰水噴灑這個(gè)部位，進(jìn)行定點(diǎn)刺激、定點(diǎn)出菇，如在這個(gè)部分出現(xiàn)多個(gè)芝柄，即可以除小留大，選無蟲害的一個(gè)芝柄。制作一個(gè)特大靈芝需要做好預(yù)算：“長腳紫芝07-6”每百公斤柴種一年可產(chǎn)五年，年可產(chǎn)1公斤干品，第二年可產(chǎn)2公斤干品，第三年可產(chǎn)1.5公斤干品，第四年可產(chǎn)1公斤干品，第五年可產(chǎn)0.5公斤干品。如果想入土當(dāng)年制作一個(gè)5公斤重的靈芝，則一定要放足500公斤菌材。如果想制作更大的靈芝，那么就要考慮配方上的生物素的加足量。靈芝是，所以整個(gè)制作過程中不能用多菌靈、敵敵畏等含硫物質(zhì)。如果靈芝出現(xiàn)害蟲，可用紫外線燈于夜間滅殺，每晚滅殺4個(gè)小時(shí)即可，每50平方米放上一支紫外線燈。如菌體上已經(jīng)出現(xiàn)害蟲，那就只能用手工捉殺，或摘除出售。

污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個(gè)方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個(gè)表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時(shí)間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細(xì)無力，擴(kuò)展緩慢。栽培季節(jié)安排不當(dāng)一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達(dá)到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動(dòng)受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機(jī)感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當(dāng)年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時(shí)清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚(yáng)，造成環(huán)境污染。