袋栽與瓶栽過程相似，只是采用聚乙烯或聚氯乙烯塑料袋，裝至離袋口約10cm處，收攏袋口，套塑料套環(huán)，加棉塞。滅菌，在無菌條件下接種培養(yǎng)。當(dāng)菌絲長到袋的1/2左右時拔去棉塞和套環(huán)，露出料面，讓其出芝。注意不要過早打開袋口，以免菌絲干涸而影響子實體發(fā)生。段木栽培選擇櫟樹、榆樹、樺木等闊葉樹種，樹齡7~10年，樹徑6~15cm。砍伐截段伐樹在落葉后至翌年萌芽前進(jìn)行，砍伐時不要損傷樹皮。接種前鋸成段，浸水12?15h，增加含水量，以利發(fā)菌。打孔接種用皮帶沖安裝在接種錘上打孔，直徑約9.6?10mm，隨即用接種槍接入菌種，然后用樹皮蓋封穴，接種選晴天進(jìn)行，做到邊打孔，邊接種，邊封穴。

污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細(xì)無力，擴(kuò)展緩慢。栽培季節(jié)安排不當(dāng)一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達(dá)到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機(jī)感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當(dāng)年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚(yáng)，造成環(huán)境污染。