污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個表現(xiàn)，這是芝棒污染的內因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細無力，擴展緩慢。栽培季節(jié)安排不當一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內溫度達到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚，造成環(huán)境污染。

第3個是六芝和靈芝之間的聯(lián)系，在中國古代“靈芝”一詞有很多含義，而《神農(nóng)本草經(jīng)》中的六芝只是根據(jù)藥性進行系統(tǒng)的分類。人們將靈芝當作祥瑞，大概認為它有“靈”，主要是由藥性和豐富的象征意象共同決定。一些專家學者將六芝與靈芝進行對比分析得出結論：六芝從根本上說，它的組成只是由赤芝和紫芝。《神農(nóng)本草經(jīng)》中記載的黃芝、白芝、青芝、黑芝四芝，在其他古代藥物著作中，對它們的記載很少，對它們的記載，第1個是《本草綱目》，書中是這樣描述的：黑芝又非常撤且多黃白，稀有黑青者；第2個是《瑞應圖》，書中是這樣描述的：芝草常以六月生，春青、夏紫、秋白、冬黑。根據(jù)現(xiàn)代的藥物研究者研究和查找相關藥物著作得出：赤芝在成長階段，初的菌蓋是白色或者是黃白色，紫芝的菌蓋顏色比較深，接近于黑色。古代醫(yī)學著作中所記載的黃芝、白芝、青芝、黑芝四芝也可能指的就是赤芝及紫芝。一些藥物學家認為，靈芝的主要特征是菌蓋的外形像人的腎臟，半圓形或者類似于圓形，表面顏色呈褐黃色或紅梅色，有很好的光澤性，還具有菌柄。菌肉的上半部分的顏色較淺，下半部分較深，與許多醫(yī)學著作所記載赤芝很相似，因此赤芝這一類靈芝可以作為靈芝的代表的說法是很有權威性的，推測古代醫(yī)學著作中的靈芝就是赤芝。