袋栽與瓶栽過程相似，只是采用聚乙烯或聚氯乙烯塑料袋，裝至離袋口約10cm處，收攏袋口，套塑料套環(huán)，加棉塞。滅菌，在無菌條件下接種培養(yǎng)。當(dāng)菌絲長(zhǎng)到袋的1/2左右時(shí)拔去棉塞和套環(huán)，露出料面，讓其出芝。注意不要過早打開袋口，以免菌絲干涸而影響子實(shí)體發(fā)生。段木栽培選擇櫟樹、榆樹、樺木等闊葉樹種，樹齡7~10年，樹徑6~15cm。砍伐截段伐樹在落葉后至翌年萌芽前進(jìn)行，砍伐時(shí)不要損傷樹皮。接種前鋸成段，浸水12?15h，增加含水量，以利發(fā)菌。打孔接種用皮帶沖安裝在接種錘上打孔，直徑約9.6?10mm，隨即用接種槍接入菌種，然后用樹皮蓋封穴，接種選晴天進(jìn)行，做到邊打孔，邊接種，邊封穴。

選用優(yōu)良品種，對(duì)退化品種進(jìn)行提純復(fù)壯選用抗病性強(qiáng)、生活力強(qiáng)、高純度的菌種進(jìn)行接種。經(jīng)多年試驗(yàn)示范，以采收子實(shí)體為主的菌株“日本赤靈芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黃山8號(hào)”兩個(gè)優(yōu)良菌株較適宜我省氣候特點(diǎn)及段木熟料靈芝栽培模式，由于栽培多年，該兩個(gè)品種有退化趨勢(shì)，需進(jìn)行提純復(fù)壯?？茖W(xué)安排栽培季節(jié)根據(jù)中原地區(qū)氣候特點(diǎn)，短段木靈芝菌棒制作期選在11月上旬至翌年2月上旬為宜，在此時(shí)段內(nèi)，為讓菌絲有足夠的發(fā)菌時(shí)間，宜利用當(dāng)?shù)貧夂蛸Y源，提早制作菌棒。選擇環(huán)境良好的芝地選擇芝場(chǎng)時(shí)，要求前茬沒栽培過食用菌，同一塊芝地上下茬隔2年以上，不同年份的2塊芝地之間相距100m以上。環(huán)境質(zhì)量符合NY5010-2002標(biāo)準(zhǔn)。采取措施防止基質(zhì)變質(zhì)適宜菌絲生長(zhǎng)的段木塊含水量是33%~48%，若原木砍伐時(shí)間較長(zhǎng)，可于截段前或截段后浸水5~24h或加大填充用木屑的含水量。裝袋后要盡快碼袋滅菌，冬季裝袋后到滅菌開始的時(shí)間間隔也不宜超過2d。注意一次性滅菌數(shù)量不宜太多（10000袋以內(nèi)為宜），以免造成滅菌不徹底、基質(zhì)變質(zhì)，延長(zhǎng)滅菌、接種時(shí)間，增加菌袋感染率。