發(fā)菌以“井”字形堆疊，高約1m，底部用石塊或廢木墊空，要求堆內(nèi)溫度控制在20兀以上、28兀以下，晴天中午氣溫高時應(yīng)撐膜通風(fēng)降溫。每周將段木上下、內(nèi)外翻動1次，促進發(fā)菌均勻。約經(jīng)30d，接種穴和樹皮下長滿菌絲，發(fā)菌結(jié)束。埋土養(yǎng)菌及子實體發(fā)生選排水良好、有水源或樹蔭下作菌床，畦床寬1.2m，深20cm。將段木橫向排放在菌床內(nèi)，段木間距5cm，以無雜質(zhì)的細壤土填沒段木間隙，而后上面覆2cm的土層。搭蔭棚離菌床高60cm，棚上蓋稀草簾，外覆薄膜，防止直射光和大雨沖刷。這段時間，減少水分供給，養(yǎng)菌約30d。當(dāng)段木兩端斷面上具有黃白色菌絲即進入子實體發(fā)生階段，增加空間的濕度，晴天噴水1~2次，保持土壤濕潤。7月初子實體陸續(xù)發(fā)生。第2年5~7月盛產(chǎn)，第3年仍有子實體產(chǎn)生。

污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個表現(xiàn)，這是芝棒污染的內(nèi)因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細無力，擴展緩慢。栽培季節(jié)安排不當(dāng)一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內(nèi)溫度達到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當(dāng)年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚，造成環(huán)境污染。