后期管理控制溫度在22—28 空氣相對濕度在90%—95%，每天澆水一次，做到濕而不見水，忌長時期積水，同時做好通風管理，靈芝原基生長迅速，日生長速度可達0.5-1cm，邊緣向外擴展，形成菌蓋，菌蓋邊緣乳白色，菌蓋一圈圈向外擴散生長。采收經(jīng)過20d左右，靈芝菌蓋邊緣乳白色-乳黃色圈消失，菌蓋開始革質(zhì)化，呈棕色，表明菌蓋已停止生長，但還可進行加厚生長。菌蓋下面子實層內(nèi)彈射出棕紅色擔孢子時，表明子實體已成熟，即可采收。采收時用鋒利的小刀或果技剪在菌柄0.5-1cm處割取。采收后的子實體應(yīng)及時曬干或烘干，然后裝袋入庫儲藏。

選用優(yōu)良品種，對退化品種進行提純復壯選用抗病性強、生活力強、高純度的菌種進行接種。經(jīng)多年試驗示范，以采收子實體為主的菌株“日本赤靈芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黃山8號”兩個優(yōu)良菌株較適宜我省氣候特點及段木熟料靈芝栽培模式，由于栽培多年，該兩個品種有退化趨勢，需進行提純復壯。科學安排栽培季節(jié)根據(jù)中原地區(qū)氣候特點，短段木靈芝菌棒制作期選在11月上旬至翌年2月上旬為宜，在此時段內(nèi)，為讓菌絲有足夠的發(fā)菌時間，宜利用當?shù)貧夂蛸Y源，提早制作菌棒。選擇環(huán)境良好的芝地選擇芝場時，要求前茬沒栽培過食用菌，同一塊芝地上下茬隔2年以上，不同年份的2塊芝地之間相距100m以上。環(huán)境質(zhì)量符合NY5010-2002標準。采取措施防止基質(zhì)變質(zhì)適宜菌絲生長的段木塊含水量是33%~48%，若原木砍伐時間較長，可于截段前或截段后浸水5~24h或加大填充用木屑的含水量。裝袋后要盡快碼袋滅菌，冬季裝袋后到滅菌開始的時間間隔也不宜超過2d。注意一次性滅菌數(shù)量不宜太多（10000袋以內(nèi)為宜），以免造成滅菌不徹底、基質(zhì)變質(zhì)，延長滅菌、接種時間，增加菌袋感染率。