發(fā)菌以“井”字形堆疊，高約1m，底部用石塊或廢木墊空，要求堆內(nèi)溫度控制在20兀以上、28兀以下，晴天中午氣溫高時應(yīng)撐膜通風降溫。每周將段木上下、內(nèi)外翻動1次，促進發(fā)菌均勻。約經(jīng)30d，接種穴和樹皮下長滿菌絲，發(fā)菌結(jié)束。埋土養(yǎng)菌及子實體發(fā)生選排水良好、有水源或樹蔭下作菌床，畦床寬1.2m，深20cm。將段木橫向排放在菌床內(nèi)，段木間距5cm，以無雜質(zhì)的細壤土填沒段木間隙，而后上面覆2cm的土層。搭蔭棚離菌床高60cm，棚上蓋稀草簾，外覆薄膜，防止直射光和大雨沖刷。這段時間，減少水分供給，養(yǎng)菌約30d。當段木兩端斷面上具有黃白色菌絲即進入子實體發(fā)生階段，增加空間的濕度，晴天噴水1~2次，保持土壤濕潤。7月初子實體陸續(xù)發(fā)生。第2年5~7月盛產(chǎn)，第3年仍有子實體產(chǎn)生。

選用優(yōu)良品種，對退化品種進行提純復(fù)壯選用抗病性強、生活力強、高純度的菌種進行接種。經(jīng)多年試驗示范，以采收子實體為主的菌株“日本赤靈芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黃山8號”兩個優(yōu)良菌株較適宜我省氣候特點及段木熟料靈芝栽培模式，由于栽培多年，該兩個品種有退化趨勢，需進行提純復(fù)壯。科學安排栽培季節(jié)根據(jù)中原地區(qū)氣候特點，短段木靈芝菌棒制作期選在11月上旬至翌年2月上旬為宜，在此時段內(nèi)，為讓菌絲有足夠的發(fā)菌時間，宜利用當?shù)貧夂蛸Y源，提早制作菌棒。選擇環(huán)境良好的芝地選擇芝場時，要求前茬沒栽培過食用菌，同一塊芝地上下茬隔2年以上，不同年份的2塊芝地之間相距100m以上。環(huán)境質(zhì)量符合NY5010-2002標準。采取措施防止基質(zhì)變質(zhì)適宜菌絲生長的段木塊含水量是33%~48%，若原木砍伐時間較長，可于截段前或截段后浸水5~24h或加大填充用木屑的含水量。裝袋后要盡快碼袋滅菌，冬季裝袋后到滅菌開始的時間間隔也不宜超過2d。注意一次性滅菌數(shù)量不宜太多（10000袋以內(nèi)為宜），以免造成滅菌不徹底、基質(zhì)變質(zhì)，延長滅菌、接種時間，增加菌袋感染率。