污染原因芝棒污染的根本原因是競爭性雜菌入侵感染，芝棒大范圍污染事件多發(fā)生在靈芝栽培老產(chǎn)區(qū)，其污染原因歸納起來主要有以下幾個方面：栽培品種抗逆性減弱抗逆性減弱是品種種性退化的一個表現(xiàn)，這是芝棒污染的內因。菌種不合格主要表現(xiàn)為栽培種帶有雜菌；菌齡過長，菌種老化，萌發(fā)力差，吃料慢，菌絲弱，接種后封面時間長；高溫、變溫培養(yǎng)的菌種，菌絲纖細無力，擴展緩慢。栽培季節(jié)安排不當一是芝棒制作及接種期安排過晚（如2月以后），如春季突遇高溫天氣，發(fā)菌棚內溫度達到40弋以上,極易“燒菌”，菌絲生理活動受到限制并逐漸死亡，各種雜菌趁機感染。二是芝棒制作及接種期安排過早（如11月以前），接種期間氣溫高，雜菌活躍，菌棒易感染。芝場環(huán)境污染主要是上年度染雜菌袋和出過芝的老袋以及當年污染的菌袋在房前、屋后、馬路邊、芝場旁邊晾曬，沒有及時清理銷毀，致使大量霉菌孢子在空氣中飛揚，造成環(huán)境污染。

第1個是從《神農(nóng)本草經(jīng)》考證。《神農(nóng)本草經(jīng)》是中國現(xiàn)存部完整的藥物學著作，它集合了很多醫(yī)學著作，創(chuàng)作于公元前，總結了漢代以前的所有的藥物學知識。第2個是《神農(nóng)本草經(jīng)》中將靈芝分為上、中、下三種，《神農(nóng)本草經(jīng)》中記載的上品靈芝多達120種，長時間服用能夠使身體輕盈，血氣充足，進而達到，而中品也有120種，能夠治療疾病，補氣養(yǎng)血。下品有125種，能夠去除寒氣，疏絡筋脈，可以作為輔藥?？傆嬘涊d的靈芝有365種。其中上品的靈芝中有不少學名：赤芝、黑芝、青芝、白芝、黃芝、紫芝?！渡褶r(nóng)本草經(jīng)》中還對上述的6種靈芝進行了詳細描述。與當代的各類醫(yī)學著作進行比較，我們可以清楚地發(fā)現(xiàn)，《神農(nóng)本草經(jīng)》對靈芝的藥物性質、主要治療的疾病的描述，相差不大。這與魏朝和晉朝之后的醫(yī)藥專家以嚴謹?shù)膽B(tài)度看待被神化的芝草有關。其中這6種靈芝的藥效在現(xiàn)代醫(yī)學驗證下也已經(jīng)得到了很明確的驗證。因此，所載六芝的藥效被古今藥物學家不斷地驗證，《神農(nóng)本草經(jīng)》中的六芝與現(xiàn)代醫(yī)學中的靈芝很相近。